Agrément CIR et CII : comment l'État finance jusqu'à 30 % de vos projets

Ce que l’agrément change pour vous, et pas pour nous

L’agrément CIR-CII est délivré par le ministère chargé de la Recherche. Il atteste qu’un prestataire dispose des compétences et des moyens pour mener des travaux de recherche ou d’innovation pour le compte d’un tiers. Le point important est celui-ci : il ne nous donne aucun avantage fiscal, il en donne un à nos clients. Sans agrément, les sommes qu’une entreprise confie à un prestataire privé ne peuvent tout simplement pas entrer dans l’assiette de son propre crédit d’impôt — la dépense est réelle, la facture est là, mais elle ne compte pas. Avec l’agrément, la même facture devient une dépense éligible chez vous.

Concrètement, un projet de développement mené avec nous ne vous coûte pas ce qu’il coûte : une part vous revient l’année suivante, sous forme de créance sur l’État ou de remboursement. C’est le seul dispositif d’aide à l’innovation qui ne demande ni dossier de subvention, ni comité de sélection, ni délai d’instruction : il se déclare avec la liasse fiscale. L’agrément est généralement accordé pour trois ans, et le ministère publie chaque année la liste des structures agréées.

Deux dispositifs, deux taux, deux publics

On parle souvent du « CIR » comme d’un bloc. Ce sont en réalité deux mécanismes distincts, qui ne visent pas les mêmes travaux.

Le crédit d’impôt recherche (CIR) couvre la recherche et développement au sens strict. Son taux est de 30 % des dépenses éligibles jusqu’à 100 millions d’euros d’assiette, et de 5 % au-delà. Il est ouvert à toutes les entreprises, quelle que soit leur taille, dès lors que les travaux relèvent réellement de la R&D.

Le crédit d’impôt innovation (CII) est réservé aux PME au sens européen — moins de 250 salariés, et un chiffre d’affaires inférieur à 50 millions d’euros ou un bilan inférieur à 43 millions. Il couvre la conception de prototypes et d’installations pilotes de produits nouveaux. Son taux mérite une attention particulière : il est de 20 % en métropole depuis le 1ᵉʳ janvier 2025, contre 30 % les deux années précédentes. Beaucoup de contenus en ligne affichent encore l’ancien taux. Le plafond de dépenses est de 400 000 € par an, soit un crédit maximal de 80 000 €, et le dispositif est prorogé jusqu’au 31 décembre 2027.

Voilà pourquoi nous écrivons « jusqu’à 30 % » et non « 30 % » : le taux dépend du dispositif dont relèvent vos travaux, et c’est le CIR qui porte le taux haut.

Sources : crédit d’impôt innovation sur Service-Public, et article 244 quater B du CGI sur Légifrance.

Ce qui est éligible — et ce qui ne l’est jamais

C’est la partie où nous décevons régulièrement, et nous préférons le faire avant la signature plutôt qu’après un contrôle fiscal.

N’est jamais éligible : la maintenance de votre parc, l’infogérance, le dépannage, le montage de postes, le câblage réseau, l’installation d’un pare-feu ou de caméras, la migration d’une messagerie, le paramétrage d’un logiciel du marché. Ce sont des prestations utiles, souvent urgentes, mais ce ne sont pas des travaux de recherche. Le fait qu’une facture émane d’un prestataire agréé ne la rend pas éligible : c’est la nature des travaux qui compte, pas la qualité de celui qui les facture.

Le développement logiciel n’est pas éligible par principe non plus. Écrire une application de gestion, même sur mesure, même complexe, relève du développement courant : les techniques sont connues, le résultat est certain dès le départ, seul le temps de travail est en jeu. Pour relever du CIR, un projet doit se heurter à un verrou technique que l’état de l’art ne permet pas de lever, et le lever par une démarche expérimentale — avec des essais, des échecs et des mesures. La question à se poser n’est pas « est-ce difficile ? » mais « existe-t-il une solution connue, et si oui, pourquoi ne convient-elle pas ? ».

Restent des cas réels, que nous rencontrons : un traitement de documents qui doit atteindre une fiabilité que les modèles disponibles n’atteignent pas sur votre corpus métier ; une contrainte de temps de réponse ou de volumétrie qu’aucune architecture documentée ne tient ; un prototype de produit que vous voulez mettre sur le marché et dont personne ne sait encore s’il fonctionnera. Le premier et le troisième cas relèvent souvent du CII plutôt que du CIR. C’est précisément ce tri que nous faisons au cadrage.

Ce que ça représente vraiment

Prenons un projet d’assistant documentaire pour un cabinet, budget 60 000 €, dont une part réellement expérimentale évaluée à 25 000 € — le reste étant de l’intégration, de la reprise de données et de la formation, qui ne sont pas éligibles. Si ces 25 000 € relèvent du CII, le crédit est de 5 000 € ; s’ils relèvent du CIR, il est de 7 500 €. Le projet ne devient pas gratuit, mais son coût net baisse de 8 à 12 %.

Deux plafonds encadrent cette mécanique, et il faut les connaître avant de bâtir un plan de financement. D’abord, les dépenses de sous-traitance ne sont retenues que dans la limite de trois fois le montant des autres dépenses de recherche de l’entreprise : une société qui n’a aucune activité de R&D en interne ne peut donc pas financer un projet entièrement externalisé. Ensuite, un plafond en valeur s’applique — 10 millions d’euros par an en l’absence de lien de dépendance entre le donneur d’ordre et le prestataire, 2 millions en cas de lien. Le premier plafond est celui qui surprend les PME ; le second ne concerne en pratique que les grands comptes.

À retenir

• L’agrément profite au client, pas au prestataire : il rend la facture éligible chez vous.
• 30 % est le taux du CIR ; le CII est à 20 % depuis le 1ᵉʳ janvier 2025, plafonné à 400 000 € de dépenses par an.
• Maintenance, infogérance, matériel et réseau ne sont jamais éligibles, quel que soit le prestataire.
• Un développement, même sur mesure, n’est éligible que s’il lève une incertitude technique documentée.
• La sous-traitance est plafonnée à trois fois vos autres dépenses de R&D : un projet 100 % externalisé ne passe pas.

Comment nous procédons

Nous ne vendons pas de montage fiscal et nous ne déclarons rien à votre place — c’est le travail de votre expert-comptable ou d’un conseil spécialisé, avec qui nous travaillons volontiers. Notre rôle s’arrête à trois choses, et elles sont déterminantes en cas de contrôle.

Nous vous disons franchement, au cadrage, ce qui relève ou non de la R&D dans votre projet, et nous chiffrons les deux parts séparément. Nous facturons de manière lisible : une ligne « travaux de R&D » distincte des lignes d’intégration et de formation, parce qu’une facture globale de 60 000 € intitulée « prestation informatique » est indéfendable devant un vérificateur. Nous documentons les travaux au fil de l’eau : verrou technique visé, état de l’art consulté, hypothèses testées, résultats obtenus, y compris les échecs. Cette documentation est votre preuve, et elle ne se reconstitue pas deux ans après.

Les erreurs qui coûtent cher

Trois reviennent constamment. Déclarer d’abord, documenter ensuite : un dossier reconstitué après coup se voit, et l’administration remet en cause le crédit avec intérêts de retard. Confondre nouveauté pour l’entreprise et nouveauté pour l’état de l’art : qu’une technologie soit nouvelle pour vos équipes ne la rend pas nouvelle au sens du CIR — c’est le critère qui fait tomber le plus de dossiers. Faire porter au crédit d’impôt la décision d’investir : si un projet n’a de sens que grâce au crédit, c’est que sa valeur d’usage ne suffit pas, et vous aurez un outil dont personne ne voulait vraiment. Le crédit d’impôt améliore le retour sur un projet justifié ; il ne justifie pas un projet.

Si vous avez un chantier en tête et que vous ne savez pas de quel côté de la ligne il tombe, dites-le nous : le tri se fait en une conversation, et il vaut mieux l’avoir avant de rédiger le devis.